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セーシェル共和国は、在ケニア日本国大使館が管轄しています。
我が国の対セーシェル支援
セーシェルは、アフリカ諸国の中でも国民一人あたりの所得が高いことから、セーシェルに対する我が国の政府開発援助（ODA）は極めて限定的で、円借款、一般プロジェクト無償資金協力及び草の根・人間の安全保障無償資金協力、一般文化無償資金協力等の支援は近年実施していません。
セーシェルの主要産業は漁業及び観光業ですが、外部経済の影響を受けやすい観光業のみに依存するのではなく、その豊富な水産資源をいかに活用するかが持続的経済成長にとって重要な課題となっています。我が国は、セーシェル経済の多角化を支援し，水産分野における二国間関係を強化する戦略的観点から，水産無償資金協力を実施しており、2010年6月、「マヘ島零細漁業施設改修計画」によって改修された漁港の開所式を行いました。
セーシェルは，大小114の島からなる小島嶼国であり、気候変動の影響に大変脆弱です。我が国は、気候変動分野での支援として、開発調査型技術協力案件「海岸浸食・洪水管理プロジェクト」を実施し、専門家派遣を通じ、先方カウンターパートへの技術移転等を行っています。
また、近年は、ソマリア沖海賊被害がセーシェル海域まで南下し、セーシェルの観光業及び漁業は大きな被害を受けています。我が国は、国際海事機構（IMO）等への拠出を通じ、海賊対策におけるセーシェル政府の努力を支援しています。